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自成立以来,北京能环科技发展中心与有关国际机构、政府部门以及研究机构形成了良好的合作关系。主要的合作伙伴包括:
 
国内机构:
  国家发展和改革委员会、财政部、农业农村部、生态环境部、交通运输部、科学技术部、商务部、住房和城乡建设部、有关地方省级发展改革部门、能源主管部门、环境保护部门、县级人民政府、国家发展和改革委员会能源研究所、中国科学院生态环境研究中心、农业部规划设计研究院、国能生物质发电公司、中国农业科学院、湖北省农业科学院、清华大学、中国人民大学、中国农业大学等
 
国际机构:
  全球环境基金、世界银行、亚洲开发银行、联合国开发计划署、联合国亚洲及太平洋经济社会委员会、联合国工业发展组织、欧洲联盟、可再生能源及能源效率伙伴关系计划、美国环境保护局、英国驻华大使馆、加拿大国际发展署、德国国际合作机构、瑞士政府、荷兰政府等